1772 begann der fast hundertjährige Grenzkonflikt mit der britischen Ostindien-Kompanie. Nach der Eroberung Assams im Jahre 1826 erstrebte die britische Kolonialmacht die direkte Kontrolle der Grenzpässe und okkupierte 1864 und 1865 (Vertrag von Sinchula) den Bezirk Dewangiri und andere Gebiete Bhutans. Mit britischer Unterstützung riss 1895 der Statthalter Ugyen Wangchuk die Herrschaft an sich. 1907 wurde er in Punakha zum König gewählt und führte die erbliche Maharadschawürde ein (Wangchuk-Dynastie). Im Vertrag von 1910 erkannte Großbritannien formell die Unabhängigkeit Bhutans an, behielt sich aber die Kontrolle der Außenpolitik vor.
Am 8. August 1949 schloss Bhutan mit Indien einen Freundschaftsvertrag, demzufolge Indien die außenpolitischen Beziehungen Bhutans wahrnimmt und Wirtschaftshilfe (Bau von Straßen und Kraftwerken) leistet. Ein indischer politischer Resident hatte seinen Sitz in Gangtok (Sikkim). Gegen die gemäßigten Reformen des Königs Jigme Dorje Wangchuck (Regierungszeit 1952–1972) und dessen Anlehnung an Indien richtete sich eine von Offizieren und Beamten geführte Verschwörung (5. April 1964 Ermordung des Ministerpräsidenten Jigme Dorji; 1. August 1965 fehlgeschlagenes Attentat auf den König).